В этой должности отец Богдан пребывал 35 лет. Его любили и уважали не только представители Санкт-Петербургской епархии, но и миряне. Он ушел из жизни 7 января 2023 года в возрасте 85 лет. В память об отце Богдане в соборе отслужили божественную литургию и панихиду.
Богдан Сойко скончался от сердечного приступа. Священнослужитель похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры. Сюда почтить память отца Богдана с самого утра приходили и простые горожане, и высокопоставленные чиновники. Одним из первых цветы на могилу бывшего настоятеля Николо-Богоявленского морского собора возложил губернатор Александр Беглов.
