Трубников родился в 1944 году в Иркутске, после войны семья вернулась в столицу. С золотой медалью он окончил физико-математическую школу при МГУ, поступил в МГИМО, в совершенстве владел английским и хинди. С 1967 года служил в КГБ, под прикрытием журналиста работал в Индии и Бангладеш, с 1996-го по 2000-й возглавлял Службу внешней разведки, после перешел на дипломатическую службу.
В МИДе для Трубникова ввели еще одну должность — первого заместителя министра, поручили заниматься объединением с Белоруссией и налаживать отношения со странами СНГ.
С 2004-го по 2009-й Трубников был послом России в Индии, а последние годы работал в Национальном исследовательском институте мировой экономики и международных отношений. Звание Героя России присвоено Трубникову в 1999 году закрытым указом президента. 25 апреля ему исполнилось бы 78 лет.