Космический грузовик пришлось пристыковывать к МКС вручную. Корабль начал стыковку в автоматическом режиме с помощью новой системы сближения «Курс-НА», однако за десяток метров до касания было принято решение пристыковаться вручную. Управление с помощью телеоператорной системы взял на себя командир МКС Олег Котов.
В подмосковном Центре управления полетами подчеркнули, что ситуация была штатной. На борту «Прогресса
М-21М» находится
более 2,5 тонн различного груза, в том числе топливо и оборудование для станции, кислород, вода, одежда, продукты, а также посылки от семей космонавтов и подарки для экипажа. Кроме того, космический грузовик привез оборудование для научных экспериментов.
Первые и не очень удачные испытания «Курс-НА» прошли летом 2012 года. Тогда на расстоянии примерно 15 километров от МКС аппаратура грузовика дала сигнал предупреждения о возможной аварии и отвела корабль на безопасное расстояние. Тогда пристыковать его к станции удалось только со второй попытки спустя 4 дня.