Серьезное заболевание у него обнаружили после аварии «Протона», которая произошла на Байконуре 2 июля 2013 года. Болезнь, как предполагают медики, могла быть спровоцирована гептилом. По сообщению статс-секретаря руководителя Роскосмоса, Поповкин сразу после неудачного запуска ракеты отправился на место ЧП.
Денис Лысков, статс-секретарь руководителя Федерального космического агентства: «После взрыва ракеты мы некоторое время находились в бункере до появления информации о том, что на поверхности безопасная атмосфера. Владимир Александрович первым покинул бункер».
Коллеги вспоминают, что Владимир Поповкин отправился на место взрыва без
каких-либо средств защиты. В результате этого он подвергся воздействию паров гептила — высокотоксичного топлива, используемого в ракетах «Протон». На состояние Поповкина мог также повлиять режим работы. По словам Лыскова,
экс-глава Роскосмоса был настоящим трудоголиком и предан своему делу, пишет газета «
Известия».
Владимир Поповкин возглавил Роскосмос в апреле 2011 года, а в октябре 2013 года ушел в отставку. 18 июня стало известно, что он скончался. Владимиру Поповкину было 57 лет.